实验室建设运行要依据论证通过的《省部共建超声医学工程国家重点实验室建设运行实施方案》和《省部共建山区桥梁及隧道工程国家重点实验室建设运行实施方案》，开展具有区域特色的基础研究和应用基础研究，提升区域科技创新能力，服务地方经济发展。实验室建设运行期间，应按照相关要求，坚持高标准建设目标，进一步凝练发展方向，加强人才队伍和实验条件建设，加强开放合作，不断提升科研水平，建立健全运行管理机制，努力成为区域内组织和开展高水平科学研究、聚集和培养优秀科研人才、促进国内外合作与学术交流的重要基地。
什么是“省部共建国家重点实验室”
为深化科技体制机制改革，进一步完善国家重点实验室体系建设，科技部决定通过创新机制、省部共建的方式建设一批省部共建国家重点实验室，以加强中央和地方的资源集成，加大创新驱动区域经济社会发展的力度。
省部共建国家重点实验室是国家加强区域创新体系建设，肩负着提升区域自主创新能力之重任，在国家科技创新体系中扮演着“奠基者”的重要角色，处于国家科技创新的顶端。科技部自2003年启动该项目以来，在全国重点高校、科研机构或高科技企业组建的高水平实验室中遴选了300多家作为培育基地，截止2017年5月，有24个实验室通过评估“转正”。
重庆超声医学工程国家重点实验室
实验室面积约3000m2，固定资产总值约3000余万元。实验室分为医学实验区、工程实验区、MRI/US引导的超声治疗实验区以及实验猴饲养基地等。实验室目前拥有的大型仪器有：贝克曼离心机，倒置生物显微镜，B超，超声诊断探头，超净工作台，三洋低温冰箱，三洋超低温冰箱，CO2培养箱，三星计算机(工控机)，TV系统，超声波细胞粉碎仪，水平流双人超净台，垂直层流罩，分体式空调，戴尔计算机，酶标仪，IBM微型计算机，呼吸机，投影机，测厚仪，皮肤B超仪、数字频率计、模拟、数字实验葙、纯水仪、全自动血气分析仪、宽度高频换能器等。各种大型仪器的使用率达到90%以上，并且实行对外开放，达到资源共享的目的。
同时，实验室也根据自身的研究需要，自行研制和改造了部分仪器设备，包括：包括HIFU肿瘤治疗系统、超声波妇科治疗仪、CZB型超声波鼻炎治疗仪等。这些仪器的研制和改造保证了实验室科研工作的良好进展。磁共振导航高强度聚焦超声治疗系统。
近年来，实验室加强了国际合作与交流，派实验室学术骨干出访韩国、日本、意大利、美国、法国等，并接待韩国、日本、英国、澳大利亚等7个国家共60人次前来进行有关学术交流。聘请了英国考文垂大学著名教授、欧洲声化学学会主席T.JMason教授，英国皇家玛斯顿医院、前国际超声治疗学会主席GailTerHaa博士、美国华盛顿大学应用物理实验室主任、世界知名的声学物理学家Crum教授，空军四所俞梦孙院士，南京大学冯若教授为重庆医科大学客座教授等。他们不定期前来实验室，开展关于超声治疗学、医疗器械等国际发展前沿及现状等的学术交流。
重庆市山区桥梁与隧道工程重点实验室
实验室拥有“桥梁结构工程交通行业重点实验室”、“结构工程重庆市重点实验室”和“山区桥梁结构与材料教育部工程研究中心”等省部级支撑平台。实验室面积5000余平方米，设备总价值3000余万元。实验研究条件良好，完成了多项国际或国内一流桥梁及新结构的试验研究。
实验室大型精密仪器设备
(1)国际领先的多功能环境/荷载耦合加载试验系统 [1] 该试验系统瞄准国际前沿，针对土木工程材料、构件、结构不同层次，开展服役环境与随机荷载耦合作用的人工加速模拟试验，研究桥梁与隧道结构长期性能，提高结构安全性、适用性、可靠性和耐久性。试验系统由可变空间人工环境综合试验箱、大型动静力多功能加载试验系统两部分组成：
①世界最大规模的可变空间人工环境综合试验箱
在国家自然科学基金国家重大科研仪器研制项目支持下，实验室自主研发了土木工程领域世界最大规模的可变空间人工环境综合试验箱，试验箱工作尺寸为32×4×3/10m，分为5个工作舱，各舱之间采用活动隔门，可灵活组装为空间为36~688m3的环境室，能够开展高温干燥试验、低温冻融试验、湿热寒潮试验、高低温交变循环试验、盐雾试验、淋雨试验、碳化试验、及温湿度交变试验。环境舱温度范围-70~+100℃、湿度范围20%~98%RH(温度5℃～85℃)、淋雨降雨量20mm/h、盐雾沉降量0.5～5ml/80cm2*h，突破了低温低湿、低温高湿环境的人工模拟，可变空间在土木工程领域属世界最大规模，技术指标居国际领先水平。
②国际先进的大型动静力多功能加载试验系统
试验系统由加载系统、地锚系统、反力墙、反力架等组成。8个Servotest作动器吨位包括50t、100t、200t、400t，总吨位达1150t，作动器工作行程±250mm，频率范围5-20Hz，油源系统总流量750L/min@28MPa，控制系统包含9个伺服通道。实验系统采用分布转换的方法实现中、宽频/带随机荷载的模拟，能够开展大型结构多自由度静力、拟静力、疲劳等试验研究。
(2)国际先进的隧道及地下工程三维加载综合试验系统
试验系统工作室尺寸为10×7.5×7.5m，三向围压加载为1.0MPa，模拟地下水压0.2MPa，能够开展1:5的隧道及地下工程三维模型试验和1:3的平面应变模型试验，模拟复杂地质和环境条件下隧道及地下工程施工过程，开展多场耦合作用下隧道结构力学行为及长期性能方面的试验研究。