中国疾病预防控制中心网站消息，6月26日，中国疾病预防控制中心公布“6月北京新型冠状病毒肺炎疫情进展”。其中病毒来源分析部分指出，可以排除由动物病毒外溢传染人，也排除今年4月前北京本地传播毒株或武汉流行毒株导致本次北京疫情。
6月11日，北京市西城区发现了1例近2周无出京史、无外来人员密切接触史的确诊病例，结束了北京连续56天无本地感染病例的疫情状态。
中国疾病控制中心表示，从1例53岁与1例25岁的男性病例和北京新发地批发市场环境采集的标本中获得的3株病毒基因分析显示，北京本次疫情流行的新冠病毒为L基因型欧洲家系分支Ⅰ，该毒株比当前欧洲流行同型毒株更“老”；可以排除由动物病毒外溢传染人，也排除今年4月前北京本地传播毒株或武汉流行毒株导致本次疫情。疫情在新发地批发市场的传染模式，推测主要为人与人之间直接接触传播和/或经物品表面污染的间接接触传播。
疫情发生后，专业机构快速确认本次疫情的主要感染来源为新发地批发市场，北京市各级政府快速采取强力的防控措施。自6月13 日关闭新发地批发市场以来已过11天、接近新冠肺炎最长潜伏期，相关暴露人员发病风险越来越低、其密切接触者也在有效管理中，预计新发地批发市场相关传播的疫情已基本得到控制。
虽然最近发现若干与新发地批发市场无关联、感染来源尚待进一步调查的病例，提示后续防控可能存在一定的复杂性；但北京开展大规模人群检测结果提示，与新发地批发市场无关的人群感染率极低；在北京已经加强监测和强力扩大社交距离的防控措施下，疫情进一步传播风险低。北京疫情近期有望得到控制。
新发地疫情的病毒跟欧洲三四月份流行的毒株基本一致
中国疾控中心生物安全首席专家武桂珍：根据新发地疫情的调查，尤其是我们做的全基因序列对病毒进行的研究分析，证实了本次的疫情就是病毒的来源不是从我们所谓的宿主和中间宿主的外泄引起的，也不是我们先前在咱们武汉流行的毒株引起的，是哪里的呢？我们看了对比以后，发现它跟欧洲三四月份流行的毒株基本是一致的。
中国疾控中心：北京新发地相关传播疫情基本得到控制
疫情发生后，北京市各级政府快速采取强力的防控措施，预计新发地批发市场相关传播的疫情已基本得到控制。虽然最近发现若干感染来源尚待进一步调查的病例，但北京开展大规模人群检测结果提示，与新发地批发市场无关的人群感染率极低；在北京已经加强监测和强力扩大社交距离的防控措施下，疫情进一步传播风险低
北京新增确诊17例
6月27日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例17例，其中境外输入病例3例（上海1例，陕西1例，甘肃1例），本土病例14例（均在北京）；无新增死亡病例；新增疑似病例1例，为本土病例（在北京）。
当日新增治愈出院病例7例，解除医学观察的密切接触者692人，重症病例与前一日持平。
境外输入现有确诊病例86例（其中重症病例1例），现有疑似病例1例。累计确诊病例1902例，累计治愈出院病例1816例，无死亡病例。
截至6月27日24时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例415例（其中重症病例8例），累计治愈出院病例78451例，累计死亡病例4634例，累计报告确诊病例83500例，现有疑似病例8例。累计追踪到密切接触者761721人，尚在医学观察的密切接触者7445人。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者7例（境外输入4例）；当日转为确诊病例2例（无境外输入）；当日解除医学观察5例（境外输入2例）；尚在医学观察无症状感染者106例（境外输入66例）。
上海新增1例系美输入
上海市卫健委今早（28日）通报：6月27日0—24时，上海通过口岸联防联控机制，报告1例境外输入性新冠肺炎确诊病例。新增治愈出院1例，来自墨西哥。
病例为中国籍，在美国工作，6月24日自美国出发，6月25日抵达上海浦东国际机场，入关后即被集中隔离观察，期间出现症状。综合流行病学史、临床症状、实验室检测和影像学检查结果等，诊断为确诊病例。
该境外输入性确诊病例已转至定点医疗机构救治，已追踪同航班的密切接触者61人，均已落实集中隔离观察。
6月27日0—24时，无新增本地新冠肺炎确诊病例。
截至6月27日24时，累计报告境外输入性确诊病例366例，治愈出院341例，在院治疗25例。现有待排查的疑似病例1例。
截至6月27日24时，累计报告本地确诊病例341例，治愈出院334例，死亡7例。现有待排查的疑似病例0例。
截至6月27日24时，尚在医学观察中的无症状感染者0例。