真菌毒素是由真菌产生的具有毒性的代谢物，食品被产毒真菌污染后，可使食用者中毒，有些毒素可以诱导基因突变和产生致癌性，有些则显示出对特定器官的毒性。
常见的真菌毒素及其对食品的污染
1. 黄曲霉毒素
黄曲霉毒素主要是黄曲霉和寄生曲霉的代谢产物，主要种类有B1 、B2 、G1 及 G2，其中，黄曲霉毒素 B1是真菌毒素中致癌力最强的一种。
联合国粮农组织估计，每年至少有 2% 的农产品因黄曲霉毒素污染而报废。我国以花生和玉米的污染最为严重。
2. 赭曲霉毒素
赭曲霉毒素是曲霉属和青霉属的某些菌株产生的代谢物，包括7种，其中以赭曲霉毒素A毒性最强，主要污染物为谷类。
3. 玉米赤霉烯酮
玉米赤霉烯酮主要由镰刀菌产生，有15种以上的代谢物，主要存在于玉米中。