但是，蓝细菌在受氮、磷等元素污染后引起富营养化的海水“赤潮”和湖泊的“水华”，给渔业和养殖业带来严重危害。此外，还有少数水生种类如微囊蓝细菌属会产生可诱发人类肝癌的毒素。家畜及野生动物饮用了含藻毒素的水后，会出现腹泻、乏力、厌食、呕吐、嗜睡、口眼分泌物增多等症状，甚至死亡。病理病变有肝脏肿大、充血或坏死，肠炎出血、肺水肿等。

美国科学家研发了第一台便携式检测仪器。该仪器核心部件是特制的芯片。芯片装有单链DNS染料。能与分子结合，并使之发出荧光。

就检测蓝藻毒素，只需三个步骤便可检测蓝藻毒素。首先将采样的水滴入检测仪器的芯片，其次将芯片放进检测仪器的读取设备内，最后将检测仪器连接智能手机。5分钟内，手机APP就能识别水样中是否存在蓝藻毒素。

目前该检测仪器的检测水平还不能应用于评估饮水水的安全系数。研究人员正在提高仪器的检测水平。未来，或将成为检测饮用水标准的检测仪器。