此次院市双方合作共建中国工程科技发展战略上海研究院。根据协议，上海研究院将以发挥院士作用为核心，团结和带领创新团队，促进产学研用深度融合。以研究和咨询项目为纽带，组织开展上海经济社会发展急需的重大工程科技咨询调研、决策咨询、学术交流合作、人才培养等工作，探索建立重大工程科技创新平台，深入实施创新驱动发展战略，加快推进上海具有全球影响力的科技创新中心建设。
会议强调，深化院市合作，核心是要继续聚焦科创中心建设，进一步拓展双方合作的广度和深度。要瞄准世界科技前沿、国家战略需求和上海自身优势的结合点，协同推进一批提高自主创新能力的大项目、大工程。要共同谋划上海服务国家战略的大思路、大举措。希望广大院士立足上海服务国家战略的重大需求、面临的重大问题，借助中国工程科技发展战略上海研究院等平台，开展宏观性、战略性、前瞻性研究，为上海更好地服务国家战略建言献策。
据悉，自2001年上海市政府与中国工程院建立合作机制以来，坚持聚焦国家战略、聚焦科技创新中心建设、聚焦高端智库建设，在重大战略研究、重大项目攻关、高端人才培养、体制机制改革等方面取得了丰硕成果，“长三角地区燃气轮机发展战略建议”、“长三角地区健康老龄化发展战略研究”“转型升级的新战略与新对策——上海加快建设具有全球影响力的科技创新中心研究”“上海医学科创中心建设战略研究”“我国转化医学发展战略研究”等一批院士专家领衔的重点决策咨询成果落地，为上海、乃至中国深入实施创新驱动发展战略、经济社会高质量发展提供了重要支撑。
未来，依托院市合作机制，上海院士中心及上海研究院将进一步深化工程科技思想库建设，组织好科创中心战略研究，就重大科技基础设施项目、重大创新功能型平台、重大战略项目及全球顶尖科研团队建设等开展研究；进一步扩大学术活动的影响和品牌效应，积极构建高智力密集、多学科荟萃、多层次联动的各类学术交流品牌；进一步完善院士服务体系，提升服务能级。