一级生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。气流原理和实验室通风橱一样，不同之处在于排气口安装有HEPA过滤器。所有类型的生物安全柜都在排气和进气口使用HEPA过滤器。一级生物安全柜本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能对试验品或产品提供保护，目前已较少使用。
二级生物安全柜是目前应用最为广泛的柜型。与Ⅰ级生物安全柜一样，Ⅱ级生物安全柜也有气流流入前窗开口，被称作“进气流”，用来防止在微生物操作时可能生成的气溶胶从前窗逃逸。与Ⅰ级生物安全柜不同的是，未经过滤的进气流会在到达工作区域前被进风格栅俘获，因此试验品不会受到外界空气的污染。Ⅱ级生物安全柜的一个独特之处在于经过HEPA过滤器过滤的垂直层流气流从安全柜顶部吹下，被称作“下沉气流”。下沉气流不断吹过安全柜工作区域，以保护柜中的试验品不被外界尘埃或细菌污染。
安全防护
一.确保安全柜的工作电源与当地使用的电源相同。电源使用不当会引起火灾或电击，在维修或拆除电路元器件时，一定要首先将安全柜电源拔下。
二.安全柜要避免使用可燃性气体或溶剂，确需使用的话，要密切注意可燃性气体或爆炸性气体及其蒸汽的浓度。
三.安全柜内谨慎使用明火。因为明火会干扰安全柜内气流流动方式，点燃HEPA过滤器和损坏过滤器的周边设施。安全柜内不要使用高压气体，因为高压气体同样也会干扰柜内气流流动方式。
四.HEPA过滤器只对颗粒物质起过滤作用。如果操作中会产生一些有害气体或蒸汽，例如：有毒的化学品或放射性物质就需要特别小心的估算其可能对安全柜造成的污染和危害水平，一定要按照适当的规则进行操作。
五.HEPA过滤器会逐渐积累上很多空气中以及安全柜工作区域中的灰尘颗粒，积累的速率主要依据空气的洁净度和安全柜工作时间以及在安全柜内所要做的工作性质。显示器将显示过滤器寿命。
六.避免将塑料制品或塑料涂布材料直接裸露在UV射线下，千万不要取消安全柜内部安全连锁装置及在UV灯打开状态下进行操作。
七.当对安全柜表面进行灭菌时
1．避免消毒液溅到手上或皮肤上。
2．要有良好的通风。
3．进行灭菌工作时，一定要严格遵照消毒液制造商的安全指南，并根据本地政府或国家的法律排放消毒液。
4．不要让含有高浓度游离态氯气的消毒液长时间接触安全柜内的不锈钢部件，因为长时间的接触游离态氯气会腐蚀不锈钢表面。
八.当出现下列情况时对安全柜进行消毒
1.需要进入到被污染区域进行性能保养之前。
2.更换HEPA之前。
3.需要进入到被污染区域进行性能测试之前。
4.移动安全柜之前。
5.改变了研究课题。
6.生物性危害物质溢出后。
日常维护保养
一.每周
用70%的乙醇或适宜的消毒液，对安全柜内部和工作面进行表面消毒。
用适宜的玻璃清洗剂，对玻璃悬窗及UV灯管进行清洗。
启动安全柜风机，将过滤器所剩寿命读数记录在操作本上。
二.每月（如果需要的话，可以更频繁些）
用湿布使用适当的清洗机，擦拭安全柜外表面，特别是安全柜的前部和上部，擦去灰尘。
抬起工作台面用70%乙醇消毒对台面底部及集水槽内部进行消毒。
检查所有的保养阀是否畅通。
检查UV灯和荧光灯计时表，将读数记录在操作本上。
所有每周需要做的工作。
三．每半年或一年
聘请具有认证资格的技术人员进行安全柜再认证。
所有每月需要做的工作。