1、加装保护柱。保护柱的作用是过滤掉来自流动相和样品的化学“拉圾”同时也可以有效除去流动相中的不溶物。尽管液相色谱仪在流动相吸入口和进样阀后部都装有不同孔径的滤器，但滤器只能除去不溶性颗粒而不能除去化学污然，加装保护柱，特别是在分析中药、中成药等复杂混合物和生物样品时必不可少。
2、过滤流动相和样品。流动相通常由水或缓冲溶液与有机溶剂混合而成，当流动相中含有缓冲盐时，色谱柱的流动相应过滤。要注意区分水系和油系，二者不可混用。装流动相的容器和色谱系统中的在线滤器要定期清洗和更换。
高效液相色谱柱的正确使用
3、净化样品。当样品中含有对色谱柱有损害的化学成分，如产生永久性吸附的蛋白质、糖等有机分子和强吸附性物质等，在进样前应尽可能对样品进行分离提纯以除去多余杂质组分。
4、避免过高的柱压。虽然高效液相色谱柱能耐受的压力大，但过高及过大的压力变化均会缩短色谱柱的寿命，所以要注意避免过高的柱压。
5、注意温度和酸碱度。一般以硅胶为基质的色谱柱最高使用温度不超过60℃，以低于40℃为宜，特别是在流动相pH接近使用限度时，更应降低使用温度。温度过高会加快键合相的水解和硅胶的溶解，从而使填料性质改变，柱床塌陷，降低柱效改变峰形。若需要在极端的pH条件下使用时，可通过在泵和进样阀之间加装预柱或降低使用温度的方法来避免液相色谱仪的色谱柱损害。
6、正确及时的冲洗。开始试验前，应了解柱中当前是何种溶剂。柱中当前溶剂一定要与分析样品所用流动相互溶，如不能混溶要用与二者均能相互混溶的第三种溶剂过渡，使用时应给予注意。