磁共振与CT同属于医学影像学范畴，但是二者存在着本质的差异。
首先，工作原理不同，磁共振是利用人体内氢原子核在磁共振的仪器强大的磁场空间内，产生共振与还原的过程中释放出能量信息，再通过高能电子计算机系统采集信号，经过数字重建技术转换成磁共振图像；CT是利用X线成像原理，形成图像。
其次，二者检查的侧重范围不一样，磁共振对软组织，如滑膜、血管、神经、肌肉、肌腱、韧带和透明软骨的分辨率高，CT再观察骨头、肺、出血等方面比较有优势，二者在检查上可以优势互补，如果长时间做CT，对人体是有一定辐射的，而磁共振是没有辐射的。