冷冻离心机的工作原理主要分两部分，即离心部分和冷冻部分。主要包括驱动电机、驱动电路、显示器、压缩机组、钢制机架、电子门锁、合金转子体等部件构成。通过程序的设置能实现离心转数可调，离心时间可设定，离心温度可控制三个基本的要素。冷冻离心机可分为超高或高速冷冻离心机和低速冷冻离心机，其应用的领域和实验范围又有区别。

　　冷冻离心机需要冷冻控温系统主要是取决于两个原因：

　　一是依据离心机高转速运行时转子体与空气摩擦生热导致机身温度不易控制，过高温度影响离心机内部元件的使用寿命。这也就是冷冻离心机和普通离心机的区别，冷冻离心机带有制冷系统，能够控制温度保护机器元件，普通离心机不带制冷系统。

　　二是根据用户实验要求，必须配有低温控制系统，比如分离一些有机活性物质：酶，有机易挥发的物质等需要恒温或是温差不超过正负10℃。来保证实验条件满足实验设计需要，确保实验顺利进行。