地表水水质监测站常用的监测仪器和监测项目要根据水源的主要用途和水质自动监测系统的监测目的确定，通常可实现自动监测的项目如下：
1、常规指标：水温、电导率、pH值、溶解氧、浊度、氧化还原电位、盐度、悬浮物等。
2、盐类及有机污染综合指标。高锰酸盐指数、化学需氧量、总有机碳、生化需氧量、总需氧量、UV、总磷、总氮、氨氮、硝酸盐氮、石油类、硫酸盐、氯化物、活性氯、氟化物等。
3、水质污染物。如金属离子、氰化物、酚等。
4、水质的生物指标。如大肠菌群、叶绿素等。
5、水文气象参数。如流量、水位、气温、湿度等。
水质监测站的运行是由专用的控制设备控制的。这个控制系统包括硬件、软件两部分，硬件部分的组成通常是PLC程序控制器或工业控制计算机及自动执行元件等；软件有可编程的组态王软件或机器语言编程的应用软件等，控制和数据采集系统完成的主要功能是系统运行过程控制，数据采集、处理及存储等。
水质自动监测站的信息传输方式有有线、无线、卫星通讯等。水质自动监测站仪器监测数据、报警信号、状态信号可自动上传至管理控制中心，管理控制中心也可通过拨号连接水质自动监测站控制器，调取水站数据，发送控制仪器运行的相关指令。
监测站房及配套设备，包括站房、供电设备、空调设备等。