为支持基础研究和应用基础研究，1984年原国家计委组织实施了国家重点实验室建设计划，主要任务是在教育部、中科院等部门的有关大学和研究所中，依托原有基础建设一批国家重点实验室。1984-20１０年，国家重点实验室走过了起步阶段和发展阶段，正在进入提高阶段。

 

　　一、起步阶段（1984年-1997年）：建成155个国家重点实验室，探索管理体制和运行机制。

 

　　建成一批基础研究实验研究基地。1984-1993年，国家利用科技三项经费投资9.1亿元，立项建设了81个国家重点实验室，重点在基础理论研究方面进行了布局;1991-1995年，国家利用世界银行贷款投资8634万美元和1.78亿元，又立项建设了75个国家重点实验室，重点在应用基础研究和工程领域进行了布局。两批重点实验室建成，形成了国家重点实验室计划初步框架。

 

　　国家经费支持：1989年原国家科委设立“重点实验室运行补助费专项”，补助实验室的日常运转和对外开放。1995-1997年，原国家计委对67个国家重点实验室进行了仪器设备更新改造。建立评估制度：1990年开始，原国家计委和原国家科委分别委托国家自然科学基金委，对国家重点实验室进行评估。1994-1997年，原国家计委和国家科委共同委托国家自然科学基金委分领域统一评估国家重点实验室，并分别予以设备更新经费和运行补助经费资助。

 

　　二、发展阶段（1998年-2007年）：规范和改进国家重点实验室的管理，探索新的实验室建设类型。

 

　　科技部规范了“发布指南、部门推荐、专家评审、择优立项”的国家重点实验室新建程序，在国家重大需求领域和新兴前沿领域新建了88个实验室，同时淘汰了17个运行较差的实验室，建立了“优胜劣汰”的竞争机制。此外，根据实验室发展形势与时俱进修订实验室建设与管理办法，加强实验室管理。尤其对实验室评估规则进行了较大的修改，强调质量、定性评价、整体评价等指导思想，取消定量指标，引导实验室出重要原始性创新成果。

 

　　2000年开始，在国家重点实验室工作基础上推动学科交叉、综合集成的国家实验室（试点）工作。2003年，为带动地方基础研究和基地建设，开展了省部共建国家重点实验室培育基地工作。2006年，为加强国家技术创新体系建设，开展了依托企业和转制院所建设国家重点实验室的工作。截至2007年底，正在运行的国家重点实验室258个（其中企业国家重点实验室38个），试点国家实验室6个，省部共建国家重点实验室培育基地44个。这些研究实验基地基本覆盖了基础研究的重点学科领域，学科布局和结构布局基本合理。

 

　　三、提高阶段（2008年－－）：专项经费的设立标志着国家重点实验室进入了新的发展阶段。

 

　　2008年3月，科技部和财政部联合宣布设立国家重点实验室专项经费，从开放运行、自主选题研究和科研仪器设备更新三方面，加大国家重点实验室稳定支持力度。2007年经费14亿元，2008年近20亿元，2009年预计达到25亿元。专项经费的设立，有利于营造宽容失败、摒弃浮躁、潜心研究的科研环境，是国家重点实验室又好又快发展的重要保障，标志着国家重点实验室工作进入了新的发展阶段。