1.省部共建协同创新中心采取省级推荐、部级认定的方式。各地可结合本地省级协同创新中心建设总体规划和未来支持能力、已认定省级协同创新中心的工作成效和省部共建协同创新中心布局，从已认定并运行的省级协同创新中心择优推荐。各地推荐的协同创新中心原则上须经省级认定且运行2年以上，运行期间持续获得省级专项资金资助。各地推荐数量不超过2个，超额不受理。2018年已推荐未获认定的协同创新中心将直接列入2019年度推荐名单，不必再次推荐，申报材料届时可更新，不占2019年度推荐指标。
2.地方须已制定并实施省级协同创新中心建设计划，有完善的认定办法、资助程序、配套支持、目标考核和绩效评价等政策制度，并能够落实对上年度省部共建协同创新中心加大额度继续给予4年专项资金资助。
3.依托高校能够认真履行协同创新中心建设主体责任，制定有可行的建设发展规划，明确中心发展目标和重点任务，注重加强自身创新条件与能力建设，对中心的组织管理、人才队伍建设、资源条件配置、经费投入保障等方面配套改革政策明确、落实到位。
4.各地推荐的协同创新中心发展应有准确定位和清晰目标，研究方向紧扣重大科学前沿、优秀文化传承创新或国家、行业产业及区域发展重大需求，已经承担了重大协同创新任务、开展了实质性产学研协同创新；协同增效明显、影响力大，政府、行业及社会认同度高；可持续发展能力强，具备实现未来协同创新目标的巨大潜力，协同创新空间广阔。