如今，在科学的指导下，我们已经认识到许多疾病的发作和食物问题都与微生物有着密切的关系，而由细菌、霉菌引起的食物安全问题和病毒性疾病也确实不胜枚举。有着这个认知基础，微生物检测就成了当下疾病预防和饮食安全的有力保障。
以微生物检测在食品领域的应用为例。食品微生物检验是食品质量管理中不可少的一步，它贯彻了“预防为主”的方针，可以有效地防止或者减少食物人畜共患病的发生，保障人们的身体健康。食品微生物检验是衡量食品卫生情况的重要指标之一，也是判定食品是否符合食用标准的科学依据之一。通过对食品中微生物的检验，我们还可以判断食品加工环境的卫生情况，能够对食品被细菌污染的程度作出正确的评价，为各项卫生管理工作提供科学依据。
就目前的总体状况来看，涉及微生物检验的食品种类主要有：奶制品、预烹煮食品、饮用水、蛋制品、水果、谷物、婴幼儿食品、肉及肉制品、软体动物、禽肉、贝类、即食食品、罐头食品、调味品、豆制品、冷冻饮品等。目前，我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌3项。
除了疾病预防和食物卫生检查，还有一些其他领域也可能需要对微生物进行检测。酒店、餐饮等服务行业是近些年发展得较火的领域，但它们所爆出的卫生问题也让人感到糟心。前有某酒店卫生乱象，今又有西贝筱面村就卫生问题公开道歉，服务行业的消毒杀菌如果做的不到位，影响的是广大群众，其危害性不可谓不小。对这些服务型行业进行微生物检测，保障消费者安全十分有必要。
眼下正值气温回升，又到了微生物生长、传播的活跃期，不管是食品安全还是酒店卫生都面临着更严峻的考验，除了有关人员要做好卫生工作和监管工作外，我们也希望能看见更多的科学仪器参与了检测中来。毕竟微生物检测是光凭眼力难以企及的领域，科学的微生物检测仪器能帮助我们做出更准确的判断。