微生物农药是一类发展较快的生物农药。微生物农药包括农用抗生素和活体微生物。农用抗生素是由抗生菌发酵产生的、具有农药功能的代谢产物，例如：井冈霉素、春雷霉素等，可以用来防治真菌病害；农用链霉素、土霉素可以用来防治细菌病害；浏阳霉素可以用来治蛾类；最新开发的阿维菌素可以用来杀灭害虫、畜体内外寄生虫，用量低、效果好。活体微生物农药是有害生物的病原微生物活体，即用了这些活的微生物可以使有害生物本身得病而丧失为害能力。例如，白僵菌、绿僵菌是一类真菌杀虫剂(即本身是真菌，具有杀虫活性)；苏云金杆菌(即Bt)是一类细菌杀虫剂；核多角体病毒是一类杀虫剂；鲁保一号是一类真菌除草剂。
微生物农药是以生物体如细菌、真菌、病毒等微生物为原料而制成的一类农药。它的特点是安全可靠，不污染环境，对人畜不产生公害，而且原料易获得，生产成本低，是当前农作物病虫害防治中具有广阔发展前景的一种农药。生产中常见的生物农药有以下几种：
Bt乳剂：是常用的细菌生物农药，它的制成品为米黄色乳剂，乳化性能好，杀虫谱广，对20多种蔬菜、茶、果、烟等植物的鳞翅目害虫防治效果为80-90%，主要防治对象有松毛虫、玉米螟、棉铃虫、粘虫、稻纵卷叶螟、茶毛虫等。Bt乳剂是一种胃毒剂，害虫食后能产生一种特殊的酶。这种酶可以分解昆虫肠道当中的一种蛋白质，从而使害虫肠道穿孔，肠道里的东西流入体腔，最后死亡。使用时应掌握气温在15℃以上，一般以20℃为适宜，施用时间应比施用化学农药提前2-3天为宜。
青虫菌和杀螟杆菌：菜青虫吃了粘有青虫茵的菜叶，肠壁会很快穿孔，变成团团泥浆死去。杀螟杆菌用于防治稻纵卷叶螟、三化螟，还能防治苍蝇、蚊子、松毛虫、白蚂蚁、稻苞虫等害虫。
白僵菌：是真菌生物农药，对防治松毛虫和水稻害虫黑尾叶蝉有特效。白僵茵液接触害虫后，通过体壁进入害虫体内，很快会萌发菌丝，吸收害虫的体液，使害虫变僵发硬而死。
井冈霉素：防治水稻纹枯病有特效。抑制水稻纹枯病病菌菌丝，有效期长达20天，耐雨水冲刷，对人畜安全无毒。
农用抗菌素和植物抗菌素：这两类农药是真菌生物农药。在生产上应用的抗菌素有春雷霉素、庆丰霉素、多抗霉素、土霉素、灰黄霉素、放线菌酮链霉素等。如农抗120是一种新型的农用抗生素，对瓜、果、蔬菜、花卉、麦类、烟草的白粉病及水稻、麦类的纹枯病，具有很好的防治效果。