随着人们生活水平的提高，食品安全逐渐为政府和民众所重视，在食品安全中，微生物污染造成的食品源疾病仍是世界食品安全中最突出的问题。加工食品过程中，病菌常常会随原料生产、成品的加工、包装与制品贮运进入食品中，造成食品污染，影响消费者的饮食安全。因此，食品微生物检验工作对评价食品卫生质量，保证消费饮食卫生有着极为重要的作用。
二、食品微生物检验的特殊性
对食品中微生物的检验需要专门的仪器和技术设施，并由受过专门训练的工作人员，负责操作进行，正是特殊的工作环境，造就了食品微生物的检验自身的特殊性。
1、涉及微生物范围广，要求高。
食品微生物检验范围相当广泛，大约包括以下几类：
⑴引起人畜食物中毒的微生物及其毒素。如沙门氏菌，小肠结肠炎耶尔森菌，黄曲霉菌，副溶血性弧菌等十几种病菌。
⑵经食物传播的病源微生物。包括人类疾病的病源微生物，畜禽疾病的病源微生物，人畜共患传染病的病源微生物。这几类微生物的种类达数百种之多。
⑶食品工业微生物。如酿造、发酵、工业用霉菌、酵母等曲种。
除了微生物检验的范围广泛之外，食品微生物检验过程中，样品的采集也至关重要。在采集时，应对食品的原料来源，加工方法，运输，存储及销售的各个环节等在调查的基础上采集具有代表性的样品。采集过程，需做到无菌操作，采样的数量、方法应与检验目的相适应，还应兼顾采样现场的温度、湿度及卫生状况等自然条件。
2、受检细菌数量少，干扰性大。
食品微生物检验过程中的受检菌株，主要是生产加工，贮存运输，销售等过程中因操作不当而污染的，大量存在的是非致病性微生物，而致病性微生物数量却相对较少。此外有些致病菌在热加工，冷加工过程中受到损伤，也会使受检菌株不易检出，从而给检验工作带来许多麻烦，影响检验结果的正确得出。
3、食品微生物检验需要准确、及时。
食品在生产完成后，为了保持新鲜的程度，一般都是尽快地进入市场，转到消费者手中，这就要求检验工作尽快获得结果，这对提高产品质量，避免经济损失，保证食品食用安全起着重要作用。工厂化大规模生产的食品，每一批次数量较大，采样数量，采样方法和检验方法等都会直接影响到检验的正确性，如果检验结果不准确，将会造成严重的政治影响和经济损失。
三、食品微生物检验的内容
1、样品的采集和制备。它是食品微生物检验的重要部分。样品的采集既要有代表性和一致性，又要保证整个微生物检验过程在无菌操作下进行。
2、菌落总数。菌落总数作为食品被污染程度的标志，可用来预测食品存放期限。
3、大肠菌群。大肠菌群分布较广，人畜粪便，外界环境的污染是大肠菌群在自然界存在主要原因。大肠菌群是评价食品卫生质量的重要指标之一，也是判定被检食品能否食用的科学依据。
4、霉菌毒素。很多霉菌毒素对人体有致癌作用，也可引起腹泻，呕吐等食物中毒症状。所以应对霉菌毒素进行检验。
5、酵母菌。酵母菌一般不致病，有时还需要它，但在不应有它时，它却大量存在，就说明食品放置过久，有一定变质和真菌生长。
6、致病菌。在实际检验中，一般是根据食品的特点，选定较有代表性的致病菌作为检测的重点，并以此来判断某种食品中有无致病菌的存在。在食品中常见致病菌有金黄色葡萄球菌，沙门氏菌，志贺氏菌等。
四、食品微生物检验的准确性
1、抽样方法要正确。
样品的采集应具有代表性和一致性，应由专业人员根据不同产品采用不同的采集方法和数量。
2、样品制备要及时。
食品都有一定的贮藏期，因此制备样品和检验要及时，要依据标准。
3、检验方法要合适。
检验前必须正确选择标准依据，产品属于强制性标准的，应选用强制性标准。产品属于非强制性标准的，应选用企业执行的推荐国家标准，行业标准或企业标准。没有上述标准的，可选用企业明示的产品说明、广告、合法图纸等进行检验。选择好标准后就应依据标准规定的检验方法进行检验。
4、仪器设备要精确，并正确使用和维护。
计量器具的精确度和正确使用是保障检验结果准确的基础。
5、检验数据应认真记录和正确处理。