病毒可通过以下四条主要途径污染食物
污染港湾水
污染灌溉水利用水
污染饮用水
不良的个人卫生
污水污染了港湾水就可能污染鱼和贝类。牡蛎、蛤和贻贝，它们是过滤性进食，水中的病原体通过其粘膜而进入，病毒然后转入消化道。如果整个生吃贝类，那么，病毒同样也被摄入。其它港湾生物表面也可被污染。但它们中的绝大多数不是被生食的。还有一个问题，它们经过烹调后，很可能被厨房器具和某些设备二次污染。而这些设备和厨房器具已接触到生的水产品，或已被带有感染病毒的加工工人污染了。
被病毒污染的灌溉用水能够将病毒留在水果或疏菜表面，而这些果蔬通常是用于生食。
,如果用被污染的饮用水冲洗或作为食品的配料，或恰恰被你喝下，那么它就可以传播病毒。
通过粪便感染食物加工者的手，病毒可被带到食物中去。有时候，这些人看起来是有病的，但在很多时候他们无症状，但恰恰是携带病毒者。即食食品如面包和可口的食品（deliitems）必须引起特别注意，而实际上，任何由含有病毒的人类粪便所污染的食物，都可能引起疾病。
一、肝炎病毒（HAV）
肝炎病毒或HAV是一种重要的食源性疾病病毒。肝炎病毒在人口比较拥挤和不卫生的国家，它是一个比较重要的问题。传播HAV的主要途径是人与人接触和从粪便至入口通过污染的水或食物。
肝炎病毒的潜伏期为2--6周，症状包括发热，厌食、恶心、嗜睡、深色尿和黄疸（皮肤和眼呈黄色）。肝脏疼痛并增大。在1--2周内痊愈，然而，有些表现为一种慢性消耗性疾病。病的严重程度随年龄的增加而增加，感染剂量很低，少于100个感染颗粒。免疫是终生的。
据报导，在美国每年约2~3万肝炎病例，而其中约140人是由于污染的食品所致。这些食源性疾病暴发的大部分原因是由于感染的个人又污染了食物。另一个重要原因是吃了被粪便污染的贝类。由于污染HAVDE贝类而引起较大规模的流行例子如，1988年在中国约300000人感染上HAV。最近，在佛罗里达州和周边的州暴发一次HAV，约有61例病例发生。1977年，在校学生因食用冻草莓而暴发HAV。很多州都报道有周期性小规模发生HAV的感染。这些病例的主要原因是已感染的食品加工人员不良的个人卫生相关。防止疾病的关键是洗手。
二、诺瓦克样病原（SRSV’S）
诺瓦克样病原是一群细小圆形结构的病毒，或称（SRSV’S）
（SRSVS）病毒的潜伏期是24--72小时，伴随症状是腹泻、恶心、呕吐、腹部痉挛、头痛、体痛和低烧。在60小时内可痊愈，但免疫是暂时的，原因可能是该病毒有较高的攻击力，感染率达50-90%。
由（SRSVS）病毒引起的几次暴发，包括有二十世纪70年代在澳大利亚有2000多人感染。另一起病例原因是运垃圾船将垃圾倒到正在捕捞贝类的区域。据记载由SRSVS引起的感染在过去的十年间呈增加趋势。诺瓦克样病原感染贝类的机会可能比其它已确定的病原体更为频繁，有可能是与贝类有关的最为常见的病原体。对食品而言，可能也是如此。
病毒和贝类
进入贝类水域有壳水生物的病原性病毒能够在那儿积聚并能存在数月。它们在冬天和较低温度下能够存活的很好。而恰恰是在那时大量捕获贝类供食用。病原性病毒已从“开放”和“关闭”水域中分离到，且已从相应水域捕捞的贝类中分离到。一旦病毒进入贝类体内，能存活数月。从未许可的水域进行不合法的捕获内贝类，将加重因贝类引起病毒性疾病这一问题。
在清洁的海水中，已污染的软体贝类通过正常饮食、消化和排泄将病原体从消化道中自然清除。竟污染水域的贝类移到清洁水域，在哪儿经过提前已定的一段时期，通过滤过食物将其消化系统中的病毒和细菌清除掉，这一过程称为“重放”（RELAYING）。在净化时，贝类置于设有净化流动水装置或循环海水装置，且可使其滤食。净化过程严格控制，一般需要2�3天，而重放过程则需要2周或2周以上。一般来说，清除病毒的时间比清除细菌要长，所以清除完细菌不能一定表明已清除完病毒。
三、病毒的控制
肝炎病毒和诺瓦克样病毒对PH有抵抗力。对冷冻和冷却温度极稳定。并且对热和辐射处理也有抵抗力。很多控制方法都被用于贝类并经过估价。一个有趣的记录是：贝类的组织极具保护性，因些存在于那里的病原性病毒是极抗热的。
流行病学资料已表明，通过食用已蒸煮过的贝类能传播病毒性疾病。贝类经过133°F30分钟的处理后，肝炎病毒还具有传染性。烹调条件诸如干热、蒸汽加热、烘烤和炖、焖等只能消灭1/2的病毒。对于贝类经完全灭活病毒的热处理，一般将导致产品在感官上为不可接受。其它产品在经过180°F温度处理后，病毒将失活。
在另一方面，氯是一种有效灭活水中病毒的物质。要保证在加氯净化前水相对要干净些。
最有效控制病毒的方法是在第一阶段防止病毒污染食物。必须从此未被污水污物污染的水域中捕获贝类。不要用被粪便污染的水去灌溉庄稼。饮用水必须来自安全地方或被正确处理过。雇员必须遵从正确卫生习惯。
对一般公众而言，肝炎疫苗是很可靠的，已经提议所有食品操作者应注射HAV疫苗，对已接触过HAV或可能触过HAV的携带者使用r-球蛋白被动免疫仍然可行，然而这种方式只能是暂时的。它不能够提供免疫力，费用也很高，并且确定所有接触过病毒的个体是困难的。Norwalk和SRSV�S是暂时性免疫，试验有效的疫苗可能有局限的。