首先要说明的就是检测的蛋白质在你检测的组织或者细胞中是表达的,根据该蛋白质的功能状态（磷酸化还是非磷酸化）的需要,调控该蛋白质活性的酶（即蛋白磷酸酶（去磷酸化）或蛋白激酶（磷酸化））对其进行调空,因此当细胞受到刺激时,通过信号级联通路可能会增强目的蛋白的磷酸化水平或者磷酸化水平减弱,所以:
1.磷酸化抗体主要是针对磷酸化位点制备的,检测该蛋白在细胞受到刺激时该蛋白的变化情况（磷酸化水平增强还是减弱）;
2.非磷酸化抗体（主要针对非磷酸化位点的肽段制备的）主要检测组织或细胞中该蛋白的表达情况,组织分布或细胞中定位,同时可以作为磷酸化水平变化的内参等.
区别在于：
1.磷酸化抗体的检测的是出于活性状态（磷酸化）的蛋白
2.磷酸化抗体只针对磷酸化位点设计，是一种位点特异性的多抗，这到有些单抗的特性。
3.普通抗体的合成（多抗）：原核表达蛋白->纯化->免疫动物->收获抗体
4.磷酸化抗体合成：人工合成含磷酸化位点的多肽->人工体外磷酸化->链接半抗原->免疫动物->收获抗体
5.磷酸化的蛋白很大部分是转录相关因子。因此使用磷酸化抗体和普通抗体检测同一个蛋白，原位检测可能具有不同的细胞定位。转录因子磷酸化后由细胞质进入细胞核。
6.一般而言，磷酸化蛋白的实验结果与分子功能更直接相关。
7.也就是说，能使用磷酸化的更好。很多时候是同时使用。