实验中所使用的玻璃器皿清洁与否直接影响实验结果。由于器皿的不清洁或被污染，往往造成较大的实验误差，甚至会出现相反的实验结果。因此，玻璃器皿的洗涤清洁工作是非常重要的。
玻璃器皿在使用前必须洗刷干净。将锥形瓶、试管、培养皿、量筒等浸入含有洗涤剂的水中，用毛刷刷洗，然后用自来水及蒸溜水冲洗。移液管先用含有洗涤剂的水浸泡，再用自来水及蒸馏水冲洗。洗刷干净的玻璃器皿置于烘箱中烘干备用。
一、初用玻璃器皿的清洗
新购买的玻璃器皿表面常附着有游离的碱性物质，先用肥皂水（或去污粉）洗刷，再用自来水洗净，然后浸泡在1%~2%盐酸溶液中过夜（不少于4h），再用自来水冲洗，最后用蒸馏水冲洗2~3次，在100~130℃烘箱内烘干备用。
二、使用过的玻璃器皿的清洗
（1）一般玻璃器皿
如试管、烧杯、锥形瓶等（包括量筒）。先用自来水洗刷至无污物，再选用大小合适的毛刷蘸取去污粉（掺入肥皂粉）刷洗或浸入肥皂水内。将器皿内外，特别是内壁，细心刷洗，用自来水冲洗干净后再用蒸馏水洗2~3次，热的肥皂水去污能力更强，可有效地洗去器皿上的油污。洗衣粉与去污粉较难冲洗干净而常在器壁上附有一层微小粒子，故要用水多次甚至10次以上充分冲洗，或可用稀盐酸摇洗一次，再用水冲洗。烘干或倒置在清洁处备用。凡洗净的玻璃器皿，不应在器壁上带有水珠，否则表示尚未洗干净，应再按上述方法重新洗涤。若发现内壁有难以去掉的污迹，应分别使用下述的各种洗涤剂予以清除，再重新冲洗。
用过的载玻片与盖玻片如滴有香柏油，要先用皱纹纸擦去或浸在二甲苯内摇晃几次，使油垢溶解。再在肥皂水中煮5~10min，用软布或脱脂棉擦拭，立即用自来水冲洗，然后在稀洗涤液中浸泡0.5~2h，自来水冲去洗涤液，最后用蒸馏水换洗数次，待干后，浸于95%乙醇中保存备用，使用时在火焰上烧去乙醇。用此法洗涤和保存的载玻片和盖玻片清洁透亮，没有水珠。检查过活菌的载玻片或盖玻片应先在2%新洁尔灭溶液中浸泡24h，然后上述方法洗涤方法洗涤与保存。玻璃器皿经洗涤后，若内壁的水均匀分布成一薄层，表示油垢完全洗净，若挂有水珠，则还需要用洗涤液浸泡数小时，然后用自来水充分冲洗，最后用蒸馏水洗2~3次后备用。
（2）量器
如吸量管、滴定管、量瓶等。使用后应立即浸泡于凉水中，勿使物质干涸。工作完毕后用流水冲洗，以除去附着的试剂、蛋白质等物质，晾干后浸泡在铬酸洗液中4~6h（或过夜），再用自来水充分冲洗，最后用蒸馏水冲洗2~4次，风干备用。
（3）其他
具有传染性样品的容器（如分子克隆、病毒、致病菌玷污过的容器）需要先进行高压灭菌或其他形式的消毒，再进行清洗。盛过各种毒品（特别是剧毒药品和放射性核素物质的容器）必须经过专门处理，确知没有残余毒物存在时方可进行清洗。否则使用一次性容器。装有固体培养基的器皿应先将其刮去，然后洗涤。
三、洗涤液的种类和配制方法
（1）铬酸洗液
（重铬酸钾一硫酸洗液，简称洗液或清洁液）广泛用于玻璃器皿的洗涤，常用的配制方法有4种：
①取100mL工业浓硫酸置于烧杯内，小心加热，然后慢慢地加入重铬酸钾粉末，边加边搅拌，待全部溶解后冷却，贮于带玻璃塞的细口瓶内。
②称取5g重铬酸钾粉末置于250mL烧杯中，加水5mL，尽量使其溶解。慢慢加入100mL浓硫酸，边加边搅拌，冷却后贮存备用。
③称取80g重铬酸钾，溶于1000mL自来水中，慢慢加入工业浓硫酸1000mL，边加边搅拌。
④称取200g重铬酸钾，溶于500mL自来水中，慢慢加入工业浓硫酸500mL，边加边搅拌。
（2）浓盐酸（工业用）
可洗去水垢或某些无机盐沉淀。
（3）5%草酸溶液
可洗去高锰酸钾的痕迹。
（4）5%~10%磷酸三钠（Na3PO4·12H2O）溶液
可洗涤油污物。
（5）30%硝酸溶液
洗涤CO2测定仪器及微量滴管。
（6）5%~10%乙二铵四乙酸二钠（EDTA）溶液
加热煮沸可洗去玻璃器皿内壁的白色沉淀物。
（7）尿素洗涤液
为蛋白质的良好溶剂，适用于洗涤盛蛋白质制剂及血样的容器。
（8）酒精与浓硝酸混合液
最适合于洗净滴定管，在滴定管中加入3mL酒精，然后沿管壁慢慢加入4mL浓硝酸（相对密度1.4），盖住滴定管管口。利用所产生的氧化氮洗净滴定管。
（9）有机溶液
如丙酮、乙醇、乙醚等可用于洗脱油脂、脂溶性染料等污痕。二甲苯可洗去油漆污垢。
（10）氢氧化钾-乙醇溶液和含有高锰酸钾的氢氧化钠溶液
它是两种强碱性的洗涤液，对玻璃器皿的侵蚀性很强，清除容器内壁污垢，洗涤时间不宜过长。使用时应小心谨慎。
上述洗涤液可多次使用，但使用前必须将待洗涤的玻璃器皿先用水冲洗多次，除去肥皂液、去污粉或各种废液。若仪器上有凡士林时，应先用软纸擦去，然后再用乙醇或乙醚擦净。否则会使洗涤液迅速失效。例如肥皂水、有机溶剂（乙醇、甲醛等）及少量油污物均会使重铬酸钾-硫酸液变绿，降低洗涤能力。
四、细胞培养级玻璃器皿的洗涤处理
（1）按上述方法对玻璃器皿进行初洗，晾干。
（2）将玻璃器皿浸泡入洗液中，24~48h。注意玻璃器皿内应全部充满洗液，操作时小心勿将洗液不溅到衣服及身体各部。
（3）取出，沥去多余的洗液。
（4）自来水充分冲洗。
（5）排列6桶水，前3桶为去离子水，后3桶为去离子双蒸水。
（6）将玻璃器皿依次过6桶水，玻璃器皿在每桶中过6~8次。
（7）倒置，60℃烘干。
（8）用硫酸纸包扎，180℃干烤3h。