1、大肠菌群
大肠菌群，它不代表某一个或某一属细菌，而指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌。
大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。一般食品中大肠菌群超标，表示食品受动温血动物的粪便污染，其中典型大肠杆菌为粪便近期污染，其他菌属则可能为粪便的陈旧污染。人吃了大肠菌群超标的食物可能会导致：肠道传染病、食物中毒等。
2、霉菌
霉菌，是丝状真菌的俗称，意即"发霉的真菌"，它们往往能形成分枝繁茂的菌丝体，但又不像蘑菇那样产生大型的子实体。在潮湿温暖的地方，很多物品上长出一些肉眼可见的绒毛状、絮状或蛛网状的菌落，那就是霉菌。
霉菌在我们的生活中无处不在，它比较青睐于温暖潮湿的环境，一有合适的环境就会大量的繁殖，必须采取措施来阻止霉菌的繁殖或切断其传播途径，就可以摆脱霉菌的污染。
霉菌对食物的污染，降低食品的食用品质外，还会产生霉菌毒素。霉菌毒素对人主要毒性表现在神经和内分泌紊乱、免疫抑制、致癌致畸、肝肾损伤、繁殖障碍等。
3、酵母
酵母是一些单细胞真菌，并非系统演化分类的单元。是子囊菌、担子菌等几科单细胞真菌的通称，一般泛指能发酵糖类的各种单细胞真菌，有的对食品加工有益，如发酵粉、酿酒酵母，有的为致病菌。
空气中、人体中都存在一定数量的酵母菌，只要在合适的环境就会快速繁殖。吃了致病性酵母菌污染的食品易造成食物中毒，有些免疫力低的人群亦可能发生酵母菌感染。
4、金黄色葡萄球菌
金黄色葡萄球菌是人类的一种重要病原菌，隶属于葡萄球菌属，有“嗜肉菌"的别称，是革兰氏阳性菌的代表，可引起许多严重感染。
金黄色葡萄球菌在自然界中无处不在，空气、水、灰尘及人和动物的排泄物中都可找到。因此，食品受到污染的机会很多。美国疾病控制中心报告，由金黄色葡萄球菌引起的感染占第二位，仅次于大肠杆菌。
金黄色葡萄球菌是人类化脓感染中最常见的病原菌，可引起局部化脓感染，也可引起肺炎、伪膜性肠炎、心包炎等，甚至败血症、脓毒症等全身感染。
5、沙门氏菌
沙门氏菌是一种常见的食源性致病菌。沙门氏菌属有的专对人类致病，有的只对动物致病，也有对人和动物都致病。沙门氏菌病是指由各种类型沙门氏菌所引起的对人类、家畜以及野生禽兽不同形式的总称。感染沙门氏菌的人或带菌者的粪便污染食品，可使人发生食物中毒。据统计在世界各国的种类细菌性食物中毒中，沙门氏菌引起的食物中毒常列榜首。
沙门氏菌主要污染肉类食品，鱼、禽、奶、蛋类食品也可受此菌污染。沙门氏菌食物中毒全年都可发生，吃了未煮透的病、死牲畜肉或在屠宰后其他环节污染的牲畜肉是引起沙门氏菌食物中毒的最主要原因。
由沙门氏菌引起的食品中毒症状主要有恶心、呕吐、腹痛、头痛、畏寒和腹泻等，还伴有乏力、肌肉酸痛、视觉模糊、中等程度发热、躁动不安和嗜睡，延续时问2～3d，平均致死率为4.1%。
6、志贺氏菌
志贺氏菌即通称的痢疾杆菌。痢疾贺志贺氏菌是导致典型细菌痢疾的病原菌，在敏感人群中很少数量的个体就可以致病。
志贺氏菌食物中毒是指由志贺氏菌引起的细菌性食物中毒。引起食物中毒的志贺氏菌主要是宋内氏志贺菌。主要发生在夏秋季，引起中毒的食品主要是热肉制品等。
志贺氏菌侵入肠粘膜组织并释放内毒素引起症状。潜伏期一般10-14h。症状为剧烈腹痛、腹泻（水样便，可带血和粘液）、发热、里急后重显著。严重者出现痉挛和休克。
7、溶血性链球菌
溶血性链球菌又称沙培林,对热和化学清毒剂均敏感，常引起扁桃体、咽部、中耳等感染。亦为肾盂肾炎、产褥热、猩红热的病原体。
一般来说，溶血性链球菌常通过以下途径污染食品：
①食品加工或销售人员口腔、鼻腔、手、面部有化脓性炎症时造成食品的污染；
②食品在加工前就已带菌、奶牛患化脓性乳腺炎或畜禽局部化脓时，其奶和肉尸某些部位污染；
③熟食制品因包装不善而使食品受到污染。
溶血性链球菌常可引起皮肤、皮下组织的化脓性炎症、呼吸道感染、流行性咽炎的爆发性流行以及新生儿败血症、细菌性心内膜炎、猩红热和风湿热、肾小球肾炎等变态反应。
8、李斯特菌
李斯特菌，又名单核球增多性李斯特菌、李氏菌，是一种兼性厌氧细菌，为李斯特菌症的病原体。李斯特菌是革兰氏阳性菌，属厚壁菌门，取名自约瑟夫?李斯特。它主要以食物为传染媒介，是最致命的食源性病原体之一。
李斯特菌在环境中无处不在，在绝大多数食品中都能找到李斯特菌。肉类、蛋类、禽类、海产品、乳制品、蔬菜等都已被证实是李斯特菌的感染源。李斯特菌是嗜冷菌，在冰箱冷藏温度、沙拉中均能生长繁殖。
李斯特菌感染后健康成人个体可出现轻微类似流感症状，新生儿、孕妇、免疫缺陷患者表现为呼吸急促、呕吐、出血性皮疹、化脓性结膜炎、发热、抽搐、昏迷、自然流产、脑膜炎、败血症直至死亡。
9、大肠埃希菌
大肠埃希菌是人和动物肠道中的正常栖居菌。大肠埃希菌的致病物质之一是血浆凝固酶。根据致病性的不同，致泻性大肠埃希菌被分为产肠毒素性大肠埃希菌、肠道侵袭性大肠埃希菌、肠道致病性大肠埃希菌、肠集聚性黏附性大肠埃希菌和肠出血性大肠埃希菌5种。
常见中毒食品为各类熟肉制品、冷荤、牛肉、生牛奶，其次为蛋及蛋制品、乳酪及蔬菜、水果、饮料等食品。中毒原因主要是受污染的食品食用前未经彻底加热。中毒多发生在3-9月。不同的致泻性大肠埃希菌引起的中毒，症状各不相同。
10、副溶血性弧菌
副溶血性弧菌，为革兰氏阴性杆菌，呈弧状、杆状、丝状等多种形状，无牙孢。
进食含有该菌的食物可致食物中毒，也称嗜盐菌食物中毒。临床上以急性起病、腹痛、呕吐、腹泻及水样便为主要症状。副溶血性弧菌是一种海洋细菌，主要来源于鱼、虾、蟹、贝类和海藻等海产品。此菌对酸敏感，在普通食醋中5分钟即可杀死；对热的抵抗力较弱。
11、肉毒杆菌
肉毒杆菌是一种生长在缺氧环境下的细菌，在罐头食品及密封腌渍食物中具有极强的生存能力，是毒性最强的细菌之一。肉毒杆菌是一种致命病菌，在繁殖过程中分泌肉毒毒素，该种毒素是目前已知的最剧毒物，可抑制胆碱能神经末梢释放乙酰胆碱，导致肌肉松弛型麻痹。
肉毒杆菌在自然界分布广泛，土壤中常可检出，偶亦存在于动物粪便中。人体的胃肠道是一个良好的缺氧环境，适于肉毒杆菌居住。肉毒杆菌属于厌氧菌，严格厌氧，在胃肠道内既能分解葡萄糖、麦芽糖及果糖，产酸产气，又能消化分解肉渣，使之变黑，腐败恶臭。在厌氧环境中，此菌能分泌强烈的肉毒毒素，能引起特殊的神经中毒症状，致残率、病死率极高。
摄食肉毒杆菌的食品可引发食物中毒，如pH>4.6的低酸性罐头食品(含铁罐，玻璃罐)或香肠、火腿。人感染肉毒杆菌后会出现视觉模糊、呼吸困难、肌肉乏力等症状，如病情严重可能导致死亡。
12、霍乱弧菌
霍乱弧菌是人类霍乱的病原体,霍乱是一种古老且流行广泛的烈性传染病之一。曾在世界上引起多次大流行，主要表现为剧烈的呕吐，腹泻，失水，死亡率甚高。属于国际检疫传染病。
人类在自然情况下是霍乱弧菌的唯一易感者，传播途径主要是通过污染的水源或未煮熟的食物如海产品、蔬菜经口摄入。居住拥挤，卫生状况差，特别是公用水源是造成暴发流行的重要因素。生产中的控制主要是严格审核原材料的来源，以及生产工序中的灭菌处理。
13、变形杆菌
变形杆菌是人和动物的寄生菌和病原菌。广泛分布在自然界中，如土壤、水、垃圾、腐败有机物及人或动物的肠道内。
可引起多种感染。中毒食品主要以动物性食品为主，其次为豆制品和凉拌菜，发病季节多在夏、秋，中毒原因为被污染食品在食用前未彻底加热，变形杆菌食物中毒是我国常见的食物中毒之一。进食后2~30小时出现上腹部刀绞样痛和急性腹泻，伴有恶心、呕吐、头痛、发热。病程较短，一般1~3天可恢复，很少有死亡。
14、空肠弯曲菌
空肠弯曲菌菌体轻度弯曲似逗点状，在暗视野镜下观察似飞蝇。有荚膜，不形成芽胞。最适温度为37～42℃。在正常大气或无氧环境中均不能生长。空肠弯曲菌是多种动物如牛、羊、狗及禽类的正常寄居菌。在它们的生殖道或肠道有大量细菌，故可通过分娩或排泄物污染食物和饮水。人群普遍易感，5岁以下儿童的发病率最高，夏秋季多见。苍蝇亦起重要的媒介作用。亦可经接触感染。感染的产妇可在分娩时传染给胎儿。
空肠弯曲菌有内毒素能侵袭小肠和大肠粘膜引起急性肠炎，亦可引起腹泻的暴发流行或集体食物中毒。该菌有时可通过肠粘膜入血流引起败血症和其他脏器感染，如脑膜炎、关节炎、肾盂肾炎等。孕妇感染本菌可导致流产，早产，而且可使新生儿受染。
15、蜡样芽孢杆菌
芽胞杆菌属中的一种。菌体细胞杆状，末端方，成短或长链，革兰氏阳性。蜡样芽胞杆菌与少数食物中毒有关(约2–5%)，包括一些严重的恶心、呕吐以及腹痛。
大概来说，杆菌性食物中毒是由于错误地烹调方法造成细菌孢子残留在食物上，更糟糕的是食物被不及时冷冻而让孢子发芽，细菌繁殖的结果是产生肠毒素，人食用含毒素的食物后会产生呕吐、腹泻等不良症状。
16、平酸菌
平酸菌是引起罐头食品酸败变质而又不胖听（即产酸不产气）的微生物，在罐头工业上称为平酸菌。它是兼性厌氧芽胞杆菌。其广泛分布于土壤，灰尘和各种变质食品中。误食平酸菌导致变质的罐头会造成食物中毒，有腹泻、呕吐等症状。
17、耶尔森氏菌
耶尔森菌属于肠杆菌科，包括鼠疫耶氏菌、小肠结肠炎耶氏菌与假结核耶氏菌等十余个菌种，这是一类革兰阴性小杆菌。
其鼠疫耶氏菌、小肠结肠炎耶氏菌与假结核耶氏菌对人类的致病性已明确，其中鼠疫耶氏菌具有F1、V/W、Pgm、Pst1等重要的毒力因子，毒力很强，少量细菌即可使人致病。本属细菌通常先引起啮齿动物、家畜和鸟类等动物感染，人类通过接触已感染的动物、食入污染食物或节肢动物叮咬等途径而被感染。
18、阪崎肠杆菌
阪崎肠杆菌是乳制品中近几年新发现的一种致病菌。阪崎肠杆菌能引起严重的新生儿脑膜炎、小肠结肠炎和菌血症，死亡率高达50%以上。目前，微生物学家尚不清楚阪崎肠杆菌的污染来源，但许多病例报告表明婴儿配方粉是目前发现的主要感染渠道。
19、蛔虫卵
蛔虫卵是通过有虫卵的粪便污染水和食物，人吃喝了这种被污染而未经煮死的虫卵的饮水和食物就会得蛔虫病。控制措施一方面是严控生产工序，另一方面是生活中吃生鲜瓜果时一定要清洗干净。