凝胶净化系统的工作原理是凝胶渗透色谱原理，根据溶质分子大小对复杂样品进行分离和收集。柱填料凝胶具有不同尺寸的孔穴，当大小不同的组分分子随流动相进入凝胶，分子越小进入微孔越深，在凝胶中保留的时间也不同，因此可以按照分子大小顺序洗脱。大分子先淋洗出来，小分子后淋洗出来，检测器检测出信号，组分收集器就会收集含有目标组分的洗脱液。
凝胶净化系统应用说明：
在对各类食品、农产品、水产品中的农残、半挥发性有机物分析时，在有机样品萃取物中一般会含有大分子物质，如果不去除这些物质，会导致色谱柱分离效率降低、进样口和色谱柱的使用寿命缩短，进而影响数据分析结果。因此，在农残、半挥发性有机物的样品分析前，必须进行有效的净化前处理。而传统的前处理过程耗时长、溶剂消耗量大，所以凝胶净化系统的大规模应用是一个必然趋势。
检测器是凝胶净化色谱仪的关键部件之一，对于这关键部件，它具有以下技术特点：
1、能检测很低浓度的溶质含量，具有较高的灵敏度；
2、对流量、脉动和温度的变化不敏感，能连续自动检测色谱流出液，且具有良好的稳定性，确保长时期地使用；
3、为了提高检测灵敏度及防止色谱峰的拓宽，检测器的池体积必须尽可能小，并具有一定的耐压能力；
4、噪声和漂移水平低；
5、对试样浓度应能给出定量的响应值，而且响应值与浓度应具有较宽的线性动态范围；
6、检测器对于被分析的样品必须是非破坏性的}
7、响应时间快，以便快速地记录色谱峰的流出时间或体积；
8、容易操作，可靠性高。