样品从采集结束至送达实验室整个过程的运输应保证样品本身变化最小及其中的微生物数量变化最低，尽量维持样品采样时的各种最初外界条件（如储存温度、是否需要冷藏或冷冻、避光等）。样品应避免破损或漏撒，产品标签应注明是否需要冰箱保存，不需要冷藏或冷冻的样品应放置于强度较高可以避免外界破坏的合适容器内。
需注意：若容器内需要加入冰袋来进行保温时，冰袋绝不可以直接接触样品。
以下是各类样品建议的运输温度：
（1）固体样品：样品周围温度应≤40℃。
（2）冷冻或深度冷冻样品：样品周围温度应低于-15℃，最好低于-18℃。
（3）其他非固体类样品：样品周围温度应在1℃~8℃。
（4）拭子取样型样品：参见ISO18593《食品与动物饲料的微生物学用接触板和抹布对表面取样的水平方法》和ISO17604《食品与动物饲料的微生物学微生物分析用胴体取样》。样品周围温度应在1℃~4℃，样品运输时间最好不要超过4h。
样品接收
接收样品时应仔细检查样品的状态，如果样品性状异常或样品数量不够，实验室应拒绝接受此样品。在特殊情况下，和客户进行沟通说明达成一致意见之后，实验室才可以进行检测。在这种情况下，实验室出具的检测报告应记录样品的情况。
实验室接收的样品应建立样品档案，对样品检测的整个过程都应有相应的原始记录，样品的编号必须能追溯至实验室工作的每个环节。如果有需要的话，盛纳样品的容器的外表面应用适宜的消毒剂进行消毒，同时仔细检查容器外表面是否有明显的物理损伤。
样品标签记录信息应包括以下内容：
（1）接收日期（如果需要更加准确，可以加上接收时间）。
（2）抽样详细信息（抽样日期和时间，样品状态）。
（3）客户姓名和地址。
如果是易腐败样品，样品的标签上还应注明运输时的温度和保鲜温度。
接受完样品后应立刻检测样品，最好不要超过24h。或者经过实验室工作人员一起商议决定检测时间。对于特别容易腐败的样品（如贝类），抽样后应在24h内进行检测，其他易腐败样品（如鱼肉、生牛奶），检测时间应在抽样后36h内进行。
如果上述检测时间时限因各种原因无法实现时，样品应冷冻置于-15℃以下，最好-18℃以下保存，使样品中所要检测的目标微生物尽量不要受到损害，并将这种因检测时限造成的影响降到最低。
样品储存
样品储存的外界条件应满足使样品内现有的微生物的数量和种类引起变化的可能性降至最低。
建议各类样品的储存温度如下：
（1）固体样品：样品周围温度为18℃~27℃。
（2）冷冻或深度冷冻样品：样品周围温度为-15℃以下，最好是-18℃以下。冷冻食品应在45℃以下不超过15min，或2℃~5℃不超过18h解冻后进行检测。
（3）其他非固态（包括易腐样品）：样品周围温度3℃±2℃。
（4）拭子取样型样品：参见ISO18593《食品与动物饲料的微生物学用接触板和抹布对表面取样的水平方法》和ISO17604《食品与动物饲料的微生物学微生物分析用胴体取样》。样品周围温度应在1℃~4℃。实验室应尽快进行检测，时间不要超过24h。
验余样品
验余样品要放置在样品初始状态的温度下保存。检验结果报告后，被检样品才能处理。检出致病菌的样品必须要经过无害化处理。
检验结果报告后，剩余样品或同批样品不进行微生物项目的复检。