第一、从生产环节进行全面的识别控制
1、从源头进行控制
从源头进行控制,以减少或去除大部分所带的微生物。
对某些食品原料所带有的泥土和污物进行清洗。
控制微生物的生长繁殖环境，如干燥、降温。
在加工、运输、贮藏过程中防止微生物对食品的污染，如控制环境、设备、辅料和工作人员。（包括加工前，要对设备，环境等进行全方位清洁消毒，喷洒一些专业的试剂等。防止食品加工后的微生物再次污染，如无菌密封包装。）
2、减少和去除食品中已有的微生物
主要在于食品及其原料中带有的微生物，包括有病原菌和腐败菌。减少和去除方法：过滤、离心、沉淀、洗涤、加热、灭菌、干燥、辐射等等。
这些方法可以根据食品的不同性质，加以选择应用。选择方法应以不损害食品的营养、风味、表观性状、内在质地和食用价值为原则。
3、控制食品中残留微生物的生长繁殖
但是，经过加工处理的食品，仍有可能残留一些微生物。
要保证食品的食用安全，延长食品的保质期，就必须控制食品中残留微生物的生长繁殖。
那就要形成一个不利于微生物生长繁殖的环境条件，或加入某些化学药剂以抑制微生物的生长。控制的方法有低温法、干燥法、厌氧法、防腐剂法等等。
第二、制定应急响应方案
针对食品微生物污染可能发生造成的安全事件，以及对事件进行应急处置的需求，建立统一、规范、有序、高效的应急指挥体系，公司各部门负责人、员工应认真执行，提高应对突发性事件的应急处置和救援能力，较大限度地防止事件影响进一步扩大、减少人员伤亡及财产损失。
同时控制和保护与事故相关的场所和物品，及时查找致病原因，避免事态进一步扩大，造成更加恶劣的影响。
第三、采取适当的风险转移措施
风险转移措施是指：通过契约将风险转移给第三方的行为。通过风险转移过程有时可大大降低企业的风险程度。
风险转移的主要形式是合同和保险。保险是使用较为广泛的风险转移方式。食品安全责任保险是指以被保险人对食品安全事故受害人依法应负的赔偿责任为保险标的的保险。它可以通过保险的手段，对食品的生产、加工、销售、消费各个环节的食品安全问题提供风险保障。
风险管理是如何在项目或者企业一个肯定有风险的环境里把风险减至较低的管理过程。风险管理是指通过对风险的认识、衡量和分析，选择较为有效的方式，主动地、有目的地、有计划地处理风险，以较小的成本争取获得较大安全保证的管理方法。
所以我们要正视风险，及时采取损失控制。损失控制不是放弃风险，而是制定计划和采取措施降低损失的可能性或者是减少实际损失。
控制的阶段包括事前、事中和事后三个阶段。
事前控制的目的主要是为了降低损失的概率，
事中和事后的控制主要是为了减少实际发生的损失。