使用气相色谱仪时，柱温的变化会导致定量、定性分析结果的变化，影响分析结果。因此选择合适的柱温以及对柱温进行控制就很重要。
　　首先，应保证柱温不高于固定液的使用温度（即色谱柱的耐受温度），避免固定液流失而影响色谱柱柱效和使用寿命。
　　其次，选择合适的柱温，柱温的选择应使难分离的两组分达到预期的分离效果，峰形正常而分析时间又不长为宜，一般柱温应比试样中各组分的平均沸点低20~30℃，通过试验决定。对于沸点范围较宽的试样，应采用程序升温，按预定的加热速度随时间呈线性或者非线性的增加温度。一般升温速度是呈线性的。
　　，特别是要保证仪器柱温控制的温度性。均匀性，以及实际温度与预设温度之间的一致性。一般气相色谱仪柱温控温精度为±1℃，有些厂家的可达到±0.1℃，而科捷仪器的气相色谱仪柱温控制精度效果更好。