转基因食品是指利用基因工程技术改变基因后构成的动物、植物和微生物生产出的食品和食品添加剂。为了保证转基因食品的安全性，“实质等同性原则”是目前国际公认的转基因食品安全性评价的通用原则。其核心内容是：与转基因植物相对应的非转基因植物由于有长期的食用历史，因而被认为是安全的。
鉴于全世界对转基因食品的安全性引起的关注和激烈争论，对转基因食品的检测显得尤为重要。目前已有的转基因检测方法主要有两大类：一类是蛋白质水平的检测；另一类是核酸水平的检测。
一，蛋白质检测方法
将外源结构基因表达的蛋白制备抗血清，根据抗原抗体特异性结合的原理，由是否产生特殊反应来判断是否含有此蛋白。
1，ELISA法
ELISA法是抗原抗体的免疫反应和酶的高效催化反应有机的结合，有直接法、间接法和双抗夹心法之分，使用较多的是双抗夹心法，其灵敏度最高。一般ELISA为定性检测，但若作出已知转基因成分浓度与吸光度值的标准曲线，也可据此来确定此样品转基因成分的含量，达到半定量测定。
2，试纸条法
与ELISA法相比，应用试纸条检测蛋白也是根据抗原抗体特异性结合的原理，不同之处之一是以硝化纤维代替聚苯乙烯反应板为固相载体。
3，免疫PCRELISA
是以酶反应检测抗原抗体反应，而免疫PCR是用PCR检测免疫学反应。免疫PCR是将一段已知序列的DNA片段标记到抗原抗体复合物上，再用PCR方法将这段DNA扩增，然后用常规方法检测PCR产物，特异性PCR产物的存在表明存在该DNA片段标记的抗体所针对的特异性抗原。因此免疫PCR即为DNA标记免疫测定技术。由于PCR具有强大的扩增能力，因此灵敏度比常规的免疫学方法如ELISA高好几个数量级。
二，DNA检测方法
1，PCR
PCR是一种快速、灵敏的核酸检测方法，在转基因产品检测上已得到广泛应用。一般是先检测转基因产品中普遍存在的启动子、终止子、标记基因，如果为阳性则进行外源结构基因的检测。
2，多重PCR
应用PCR检测转基因产品时，通常要通过2种或2种以上转基因成分的检测结果来判断是否为转基因产品；另外通常还要检测植物的内源基因，以确定是否提取到DNA或DNA提取物中是否存在抑制PCR反应的物质，应用PCR分别检测这些转基因成分和内源基因时，就存在加样操作繁琐、时间和试剂耗费大等缺点。因此，近年来多重PCR（Multi-plexPCR，MPCR）技术在转基因产品检测上得到了应用，它是一种在一个反应体系中加入多对引物同时检测多个目的片段的技术，模板可以为单一的也可以是几种不同的。
3，PCR-ELISA
传统的PCR产物分析手段为琼脂糖凝胶电泳法，它只能粗略判断产物的大小，并不能鉴别产物的特异性，因此造成了常规PCR检测易产生非特异性、假阳性多等缺点。新近发展起来的PCR-ELISA是用免疫学方法检测PCR产物，将PCR的高效性和ELISA的高特异性结合在一起的方法。
4，PCR-GeneScan
GeneScan是一种用途广泛的DNA片段分析技术，是将荧光标记的DNA片段，如PCR产物，在DNA遗传分析仪上进行大小、数量分析检测的过程；亦即PCR反应后，用GeneScan扫描替代琼脂糖凝胶电泳来检测PCR产物。
5，荧光定量PCR-ELISA
PCR-ELISA等法只能达到半定量的目的，但许多国家对转基因产品实行的标识制度都规定了转基因成分含量的上限，如欧盟是1%、日本和韩国为5%，因此就必须对转基因产品进行定量测定。
6，基因芯片
基因芯片最初是由核酸的分子杂交衍生而来的，即应用已知序列的核酸探针对未知序列的核酸序列进行杂交检测。DNA芯片是利用原位合成法或将已合成好的一系列寡核苷酸以预先设定的排列方式固定在固相支持介质表面（硅片、玻片、尼龙膜等），形成高密度的寡核苷酸的阵列，样品与探针杂交后，由特殊的装置检出信号，并由计算机进行分析、综合。
相关现行国家标准如下：
GB/T19495.1-2004 转基因产品检测通用要求和定义
GB/T19495.2-2004 转基因产品检测实验室技术要求
GB/T19495.3-2004 转基因产品检测核酸提取纯化方法
GB/T19495.4-2004 转基因产品检测核酸定性PCR检测方法
GB/T19495.5-2004 转基因产品检测核酸定量PCR检测方法
GB/T19495.6-2004 转基因产品检测基因芯片检测方法
GB/T19495.7-2004 转基因产品检测抽样和制样方法
GB/T19495.8-2004 转基因产品检测蛋白质检测方法
GB/T19495.9-2004 转基因产品检测植物产品液相芯片检测方法
GB_T31730-2015 水稻中转基因成分测定膜芯片法
GB_T33526-2017 转基因植物产品数字PCR检测方法
GB_T33807-2017 玉米中转基因成分的测定基因芯片法
SN_T1194-2014 植物及其产品转基因成分检测抽样和制样方法
SN_T1202-2010 食品中转基因植物成分定性PCR检测方法
SN_T2668-2010 转基因植物品系特异性检测方法