关闭气相色谱仪后，打开仪器的侧板和背板，用仪表空气或氮气吹扫仪器内部的灰尘，用软刷处理灰尘较多或不易吹扫的地方。
吹扫结束后，应将仪器内部有有机污染的地方的水或有机溶剂擦洗干净。
水溶性有机物可以先用水擦拭，清洁不良的地方可以用有机溶剂处理。
不溶于水或可能与水反应的有机物，应使用与水不反应的有机溶剂清洗。
电路板的维护和清洁。气相色谱仪检修前，应切断仪器电源。
首先，用仪表空气或氮气吹扫电路板和电路板槽。吹扫时，用软刷仔细清理线路板及槽内灰尘较多的部位。
操作时尽量戴手套，防止静电或手汗影响电路板上的某些部件。
在维护过程中，需要对气相色谱仪的玻璃内衬、分流板、分流管线、EPC等部件进行清洗。
小心取出玻璃内衬，用镊子或其它小工具小心地除去内衬中的玻璃棉等杂质，在拆卸过程中不要划伤内衬表面。