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高压输液系统俗称高压泵，是整台机器的动力来源，流动相由高压泵从试剂瓶中抽出，流经进样口，色谱柱，检测器最后流出色谱仪。可以说没有高压泵的提供的压力，仅靠流动相自身的重力和扩散，整个过程要漫长到难以忍受的程度。早期液相色谱是没有高压泵的，一个样的分析动辄数十小时甚至数天，而且色谱柱也不像现在吸附能力强，这种只能叫液相色谱。自从高压泵被引入液相色谱后，色谱柱分离变得更高效，分析时间极大缩短，一个样品只用数分钟即可，这样的液相色谱才叫高效液相色谱。